Obok najczęściej występujących zakażeń wirusowych i bakteryjnych, pasożyty są trzecią grupą patogenów będących czynnikiem etiologicznym biegunek ostrych lub przewlekłych (trwających dłużej niż 14 dni) u dzieci i osób dorosłych.

Pasożyty będące najczęstszą przyczyna biegunek u ludzi to pierwotniaki Giardia intestinalis i Cryptosporidium spp. Prowadzimy też diagnostykę rzadziej wykrywanych gatunków pasożytów wywołujących biegunki, takich jak Cyclospora cayetanensis, Cystoisospora belli, mikrosporydia (Enterocytozoon bieneusi, Encephalitozoon intestinalis) i Blastocystis hominis.

Najbardziej narażone na zarażenie pierwotniakami jelitowymi są osoby z obniżoną odpornością, czyli dzieci oraz osoby w podeszłym wieku; biorcy przeszczepów i osoby przyjmujące leki immunosupresyjne oraz osoby podróżujące do krajów o klimacie tropikalnym lub subtropikalnym. U tych osób zarażenia pasożytnicze przebiegają bardziej gwałtownie, np. występują wodniste biegunki prowadzące do odwodnienia organizmu, stany podgorączkowe, bóle brzucha, nudności lub inne nietypowe objawy. Ponadto pasożyty mogą zaatakować inne narządy wewnętrzne (tzw. inwazje rozsiane), prowadząc do poważnych schorzeń.

Dlatego bardzo ważna jest szybka i prawidłowa diagnostyka, która skutkuje wdrożeniem skutecznego leczenia przeciwko określonemu gatunkowi pasożyta.