Badania mikroskopowe w parazytologii są podstawową metodą diagnostyki zarażeń pasożytniczych. Są metodami sprawdzonymi, stosowanymi od wielu lat w rutynowej diagnostyce do określenia rodzaju/formy rozwojowej pasożyta. Służą także do szacowania ilości pasożytów w badanej próbie przy zastosowaniu wystandaryzowanych współczynników. Materiałem diagnostycznym może być krew, kał, płyny i wydzieliny ustrojowe, materiał tkankowy i inne. Badania mikroskopowe są bardzo skutecznym badaniem w przypadku biegunek, kiedy w kale pojawia się nagle duża ilość form rozwojowych mikropasożytów jelitowych. W badaniu ogólnym, w świeżym materiale kałowym, wykrywane są także formy rozwojowe przywr, tasiemców oraz nicieni. Specjalny test przylepca pozwala wykryć inwazje owsików. Badany materiał diagnozuje się także po wykonaniu preparatów stałych. Odpowiednio dobrane i opracowane techniki barwienia rozmazów pozwalają na identyfikację gatunku/rodzaju pasożyta i są przydatne np. w badaniach krwi.
Niektóre larwy pasożytów np. tasiemców lokalizują się w wybranych narządach. Konieczne są wtedy inne badania materiału biopsyjnego w celu potwierdzenia/wykluczenia inwazji.