Zanieczyszczona woda może być źródłem groźnych chorób wirusowych, bakteryjnych ale także pasożytniczych.
Pasożyty mogą być przyczyną biegunek u dzieci poniżej 5 roku życia i u dorosłych, a także u osób w podeszłym wieku oraz z niedoborami immunologicznymi (np. zakażone HIV, poddane leczeniu immunosupresyjnemu lub terapii przeciwnowotworowej).

Pasożyty będące najczęstszą przyczyna biegunek ostrych lub przewlekłych (trwających powyżej 14 dni) u ludzi są pierwotniaki Giardia intestinalis i Cryptosporidium spp.

Małe, przydomowe oczyszczalnie ścieków mogą zastępować tradycyjne oczyszczalnie zwłaszcza na terenach nieskanalizowanych (np. przy domkach letniskowych, ogrodach działkowych itp.).

Aby nie zanieczyszczać środowiska (wody i gleby), odcieki z takich oczyszczalni powinny mieć skład odpowiadający wymogom prawa polskiego i unijnego pod względem fizycznym, chemicznym oraz biologicznym.
Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 13 lipca 2010, osady ściekowe mogą być wykorzystywane w rolnictwie i rekultywacji gruntów po uprzednim ich zbadaniu i pozytywnym zaopiniowaniu przez właściwą instytucję; Dz.U. z 2010 r., nr 137, poz. 924).

Jaja nicieni z rodzaju Toxocara, Trichuris i Ascaris wykrywa się w badaniu ogólnym osadów ściekowcych/nawozów organicznych przy użyciu mikroskopu.

Cysty/oocysty pierwotniaków jelitowych wykrywa się w badaniu mikroskopowym po wcześniejszym znakowaniu immunofluorescencyjnym.