Wyróżnia się trzy, spokrewnione podtypy wirusa Tick-borne encephalitis virus (TBEV), powodujące trzy postaci choroby (oponową, mózgową i mózgowo-rdzeniową) charakteryzujące się różnymi objawami klinicznymi zakażenia. Źródłem zakażenia mogą być kleszcze (także ich odchody, które drogą wziewna, z kurzem dostają się do organizmu), surowe masło i mleko pochodzące od zakażonych zwierząt. Zakażenie nie przenosi się z człowieka na człowieka, rzadko bywa śmiertelna, jednakże może pozostawić trwałe powikłania neurologiczne np. depresja, bóle głowy czy niedowłady.

Diagnostyka serologiczna kleszczowego zapalenia mózgu (KZM) polega na oznaczeniu obecności przeciwciał IgM lub IgG powstających w odpowiedzi na zakażenie TBEV, co pozwala na potwierdzenie etiologii zapalenia mózgu.